海关将国际中转业务纳入新舱单系统，国际中转一程舱单申报流程与进口业务一致，国际中转二程舱单申报流程与出口业务基本一致，但在进出口舱单及进口理货报告备案成功后，企业需要向海关传送外国货物转运准单，海关会将该单证与其他单证数据核对，核对成功后，海关给出接收成功的回执，回执中包含转运准单号，并触发国际中转放行。准单放行后，企业仍然要申报装载舱单，待海关同意装载后，该货物才可以装船。装船后6小时内，海关监管场所经营人或理货公司需要向海关提交出口理货报告。

        深圳电子口岸平台按照海关监管要求，结合大铲湾港区旧舱单国际中转业务申报方式，量身定制了大铲湾港区的国际中转新舱单申报系统，在满足海关监管的同时，为码头和企业提供数据共享，提高国际中转业务申报效率。另外，深圳电子口岸平台也接收国际中转业务中各报文独立传输及页面录入。并将海关的相关回执和指令传达给申报企业或码头。