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海关设计开发的进出口舱单管理系统，能够对进出实施物流信息跟踪和监控，实现物流电子信息跟踪，配合实物监控，进一步严密海关对进出口货物的监管。
经过两年多的调研、开发、测试，深圳电子口岸平台开发了《海运公共舱单数据服务系统》和《空运进出口舱单数据服务系统》。公共舱单数据服务系统的建设目标是为 各口岸单位提供数据共享和交换等服务，并为申报企业提供“一次录入、多方申报”的功能。
经过两年多的调研、开发、测试，深圳电子口岸平台开发了《海运公共舱单数据服务系统》和《空运进出口舱单数据服务系统》。公共舱单数据服务系统的建设目标是为 各口岸单位提供数据共享和交换等服务，并为申报企业提供“一次录入、多方申报”的功能。
为了方便海关对进出境运输工具动态进行管理，海关于2008年开始设计并开发运输工具动态管理系统。该系统目前主要涉及海运和空运领域。
深圳电子口岸平台为港区申报企业提供了运输工具申报渠道，企业可登录海运公共舱单数据服务系统及空运进出口舱单数据服务系统申报，亦可通过邮箱传送符合海关要求的XML报文，经平台发送至海关。
深圳电子口岸平台为港区申报企业提供了运输工具申报渠道，企业可登录海运公共舱单数据服务系统及空运进出口舱单数据服务系统申报，亦可通过邮箱传送符合海关要求的XML报文，经平台发送至海关。
为做到既能最大限度地简化对集装箱暂时进出境和自由调拨的手续，又能实现有效监管，海关设计并研发暂时进出境集装箱管理子系统。实现了境内（包括国内生产、加工贸易征税内销和境外生产征税进口的）集装箱备案管理及暂时进出境集装箱管理（包括新箱出口和暂时进出境箱的延期申请）等。